臭氧一種強氧化劑，容易與水中有機物的—C=C—雙鍵反應。臭氧與有機物反應的結果通常使有機分子量變小，芳香性消失，極性增強，可生化性提高。基于臭氧與有機物反應的這些特點，使用臭氧發生器在給水處理中可以起到除臭、脫色、去除藻類等多種作用。

在實際的水處理中臭氧的投加量一般只有幾個mg/L，只能部分氧化有機物，生成醛、酮、酸等中間物，因而單獨使用臭氧發生器對有機物的去除效果不顯著。但臭氧可使有機物分子量減小，可生化性提高，有利于生物處理。因而臭氧與生物處理聯用可以更充分地發揮各自對有機物的去除能力。

臭氧發生器采用混凝法除藻時應根據藻的種類選擇藥劑。去除硅藻時可單獨投加硫酸鋁，例如番禺市沙彎水廠在硅藻高繁殖期的投鋁量從平時的1.2mg/L增加到3.0mg/L，可使沉淀池出水的濁度降至1～2NTU以減少進入濾池的藻類數量。去除綠藻一般需要預氧化，預加氯時其去除率約為95%～98%，無預氯化時其平均去除率為85%(如果考慮到預加氯會產生三鹵甲烷，也可以用其他氧化劑)。藍、綠藻會產生臭味，甚至含有毒素，并且會分泌黏液造成配水管網中出現后絮凝現象，此種分泌物又可能轉化為三鹵甲烷母體，因此是水處理中較難去除的藻類，也是多數富營養化水體中主要生長的藻類，它對混凝劑投量的調整極為敏感。

另外，藻類代謝產生的有機物對絮凝和過濾也有影響，其原因是該有機物中的酸性物質與混凝劑(鐵鹽或鋁鹽)的水解產物發生反應，生成的表面絡合物附著在絮體顆粒表面，阻礙了顆粒相互碰撞，因此必須增加混凝劑的投量，補償由于表面絡合物的形成對顆粒脫穩和絮凝造成的影響

利用高錳酸鉀除藻也有較好的效果，對堿性水的除藻效果優于中性或酸性水。一般高錳酸鉀投加量為1～3mg/L、接觸時間≥1～2h，但也有投加量為10mg/L、接觸時間為10～15min的特殊情況(為了延長接觸時間，可在引水管中投藥)。如果預氧化過程中高錳酸鉀投量過多，可能會穿透濾池而進入配水管網，出現“黑水”現象，而且出水的含錳量增加，有可能不符合生活飲用水水質標準。過剩的高錳酸鉀可在沉淀池中去除，只要淡紅色已在池內消失，高錳酸鉀就不會進入濾池。有些水廠采用直接過濾工藝(不經過混凝、沉淀)，則需專門的檢測設備，以防止多余的高錳酸鉀穿透濾池而進入配水管網。有時也可投加粉末活性炭去除過剩的高錳酸鉀，其投加點應在高錳酸鉀氧化反應完成以后，以免相互作用而降低除藻效果，但是粉末活性炭也可能穿透濾池而進入配水管網，宜在濾速上加以控制。

臭氧發生器和活性炭聯合除藻已受到人們的重視。日本福間町水廠原水取自某水庫，該水庫庫容較小、深度較淺，因此藻類容bh24oeap易繁殖(有時有異味)。該水廠僅在水庫水位低、藻類多、氣味大時增用臭氧—活性炭處理設備，使藻類得到控制。